1282年（弘安5）、公忍上人が真言宗能成寺を時宗に帰依し、寺名も別願寺としたと伝えられる。室町時代には鎌倉公方代々の菩提寺で足利氏が代々深く信仰した。境内には足利持氏の供養塔といわれる大きな石造の宝塔がある。本堂には、本尊の木造阿弥陀三尊像と魚籃観音像が安置されている。